À entrada do Ensino Secundário os alunos poderão optar por um dos seguintes cursos:
Curso de Línguas e Humanidades;
Curso de Ciências Socioeconómicas;
Curso de Ciências e Tecnologias.
O Colégio Rainha Dona Leonor procura formar alunos críticos, versáteis, autónomos, criativos e empreendedores, por esta razão, a aula não se esgota na sala da turma, nem se restringe aos conteúdos programáticos do manual, sendo proporcionados momentos de aprendizagem e de desenvolvimento de competências para lá da sala de aula, como visitas de estudo das diferentes disciplinas e/ou cursos; visitas a faculdades; visitas a empresas/fábricas; dinamização (da responsabilidade dos alunos) de debates e conferências; desenvolvimento de projetos de solidariedade e de responsabilidade social; visitas de estudo ao estrangeiro. O saber prático, através da experimentação, ganha principal destaque, transformando-se a sala de aula num espaço interativo, onde o aluno ocupa um papel fundamental.
O Colégio Rainha D. Leonor tem visto serem aprovados projetos no âmbito do programa Erasmus +, que têm possibilitado intercâmbios enriquecedores.
São disponibilizadas sessões de apoio a todas as disciplinas (reforço da disciplina), no período da tarde, para além do programa “Recuperação +”, que consiste num apoio individualizado extra, agendado pelo docente da disciplina e articulado com o aluno. Como o nome indica, esta hora servirá para recuperar alunos que em determinado instrumento de avaliação tenham obtido uma classificação negativa, que tenham descido a sua classificação do primeiro para o segundo momento de avaliação, ou que necessitem de consolidar conteúdos.
